Heparin‑Separator‑Plasma als Quelle für zellfreie DNA geeignet

Kernbefund

Eine aktuelle Studie zeigt, dass das restliche Plasma aus Heparin‑Separator‑Röhrchen, das routinemäßig in der klinischen Chemie verwendet wird, als zuverlässige Quelle für zellfreie DNA (cfDNA) dienen kann. Die Analyse von 49 Proben aus gesunden Freiwilligen und viralen PCR‑positiven Patienten ergab hohe Übereinstimmungen mit herkömmlichen EDTA‑Plasmen hinsichtlich viraler Detektion, Kopienzahl‑Profilen, Methylierungsmustern und Fragmentierungsmerkmalen.

Hintergrund

cfDNA wird für molekulare Tests zunehmend genutzt, erfordert jedoch meist spezielle Sammelbehälter oder sofortige Weiterverarbeitung. Die Möglichkeit, bereits vorhandenes Plasma aus Heparin‑Separator‑Röhrchen zu verwenden, könnte die Verfügbarkeit von cfDNA für biobanking‑ und Analysezwecke deutlich erhöhen.

Versuchsdesign – Sofortige Verarbeitung

In einem ersten Experiment wurden von fünf gesunden Freiwilligen Blutproben gleichzeitig in EDTA‑, Streck‑ und Heparin‑Separator‑Röhrchen entnommen und unmittelbar verarbeitet. Anschließend erfolgte Whole‑Genome‑Sequenzierung sowie angereicherte Methylierungs‑Sequenzierung, um die Übereinstimmung der verschiedenen Parameter zu prüfen.

Ergebnisse – Sofortige Verarbeitung

Die Heparin‑Separator‑Plasmen wiesen eine hohe Korrelation mit EDTA‑ und Streck‑Plasmen auf: Spearman‑Korrelationskoeffizienten für Methylierungsmuster lagen zwischen 0,65 und 0,70, während Fragmentierungsmerkmale ebenfalls stark übereinstimmten.

Versuchsdesign – Verzögerte Verarbeitung

Ein zweites Experiment simulierte klinische Bedingungen, indem EDTA‑ und Heparin‑Separator‑Plasmen von sechs Probanden bei Raumtemperatur bzw. 4 °C verzögert verarbeitet wurden. Ziel war zu prüfen, ob die Lagerungsbedingungen die Qualität der cfDNA beeinflussen.

Ergebnisse – Verzögerte Verarbeitung und Klinik‑Kohorte

Selbst bei verzögerter Verarbeitung blieb die Übereinstimmung hoch. In einer Klinik‑Kohorte von 38 viralen PCR‑positiven Patienten zeigte das Heparin‑Separator‑Plasma eine starke Korrelation mit dem zugehörigen EDTA‑Plasma für virale Detektion (ρ = 0,95), Kopienzahl‑Profilierung (ρ = 0,72–0,96) und Methylierungsmuster (ρ = 0,50–0,83).

Implikationen

Die Ergebnisse legen nahe, dass restliches Plasma aus Heparin‑Separator‑Röhrchen, sofern es gekühlt und zeitnah verarbeitet wird, als ergänzende Quelle für cfDNA‑Biobanking und molekulare Analysen genutzt werden kann. Dies könnte die Ressourcennutzung in klinischen Laboren optimieren und den Zugang zu cfDNA‑Material für Forschungs‑ und Diagnosezwecke erweitern.

Fazit

Die Untersuchung bestätigt die Machbarkeit, Heparin‑Separator‑Plasma als untergenutzte, aber leicht verfügbare Quelle für cfDNA zu verwenden, ohne die Qualität der gewonnenen molekularen Daten zu beeinträchtigen.

Dieser Bericht basiert auf Informationen von eLife, lizenziert unter Creative Commons BY 4.0 (Open Access). Wissenschaftliche Inhalte, offen zugänglich.