Ein Team von Wissenschaftlern hat eine verbesserte Version der SHARE-seq-Technik vorgestellt, die die gleichzeitige Messung von Chromatinzugänglichkeit und Transkriptionsaktivität in einzelnen Zellen ermöglicht. Die Methode trägt den Namen easySHARE-seq und adressiert mehrere Schwächen früherer Verfahren.
Technische Weiterentwicklungen
Die Weiterentwicklung umfasst ein optimiertes Barcode-System und einen gestrafften Protokollablauf, wodurch die nutzbare Sequenzlänge der Bibliotheken auf bis zu 300 Basenpaare erhöht wurde. Diese Erweiterung eröffnet Anwendungen wie die Analyse von allelspezifischen Signalen oder die Entdeckung von Varianten.
Kosteneffizienz und Skalierbarkeit
Im Gegensatz zu früheren Versionen erfordert easySHARE-seq keinen separaten Sequenzierungslauf, was die Kosten reduziert. Die Methode bleibt zudem hoch skalierbar, sodass große Zellzahlen verarbeitet werden können, ohne die Datenqualität zu beeinträchtigen.
Validierung an Mausleberzellen
Die Forscher wendeten easySHARE-seq auf 19.664 Kernproben aus der Mausleber an und erhielten kombinierte Chromatin‑ und Expressionsprofile. Im Vergleich zu anderen kombinierten Indexierungsverfahren erzielte die neue Methode mehr als das 1,5‑fache an erfassten Transkripten pro Zelle.
Biologische Erkenntnisse
Durch die multiomische Analyse konnten Zelltypen identifiziert und cis‑regulatorische Elemente ihren Zielgenen zugeordnet werden. Darüber hinaus wurden mikroskalige, leberspezifische Veränderungen im regulatorischen Netzwerk nachgewiesen.
Ausblick
Die Autoren schließen, dass easySHARE-seq eine verbesserte Option für die Erstellung hochwertiger Multi‑Omik‑Datensätze darstellt und in einer breiten Palette von Forschungsdesigns einsetzbar ist.
Dieser Bericht basiert auf Informationen von eLife, lizenziert unter Creative Commons BY 4.0 (Open Access). Wissenschaftliche Inhalte, offen zugänglich.
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